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0.12.0Ubuntu でPandas バージョンを使用してい13.04ます。条件ごとに分割された EEG データを含む 5D パネル オブジェクトを作成しようとしています。

データを構造化する方法:

の使用方法を示すことから始めましょうpandas.core.panelnd.creat_nd_panel_factory。

Subject = panelnd.create_nd_panel_factory(
    klass_name='Subject',
    axis_orders=['setsize', 'location', 'vfield', 'channels', 'samples'],
    axis_slices={'labels': 'location',
            'items': 'vfield',
            'major_axis': 'major_axis',
            'minor_axis': 'minor_axis'},
    slicer=pd.Panel4D,
    axis_aliases={'ss': 'setsize',
            'loc': 'location',
            'vf': 'vfield',
            'major': 'major_axis',
            'minor': 'minor_axis'}
    # stat_axis=2  # dafuq is this?
    )

基本的に、組織は次のとおりです。

  • setsize: 実験条件。1または2
  • location: 実験条件、"same"、"diff"またはNone
  • vfield: 実験条件。"lvf"または " rvf"

最後の 2 つの軸は と に対応しDataFrameます。わかりやすくするために名前が変更されています。major_axisminor_axis

  • channels: 列、EEG チャネル (129 個)
  • samples: 行、個々のサンプル。 samples時間軸として考えることができます。

私がやろうとしていること:

各実験条件 ( subjectx setsizex locationx vfield) は独自のタブ区切りファイルに保存され、それを で読み込んでオブジェクトpandas.read_tableを取得しDataFrameます。各被験者に対して1 つの 5 次元パネル (つまり ) を作成したいと考えていますSubject。これには、その被験者のすべての実験条件 (つまりDataFrames) が含まれます。

まず、subject/ ごとにネストされた辞書を作成しますSubject。

# ... do some boring stuff to get the text files, etc...
for _, factors in df.iterrows():
    # `factors` is a 4-tuple containing
    #  (subject number, setsize, location, vfield, 
    #  and path to the tab-delimited file).
    sn, ss, loc, vf, path = factors
    eeg = pd.read_table(path, sep='\t', names=range(1, 129) + ['ref'], header=None)

    # build nested dict
    subjects.setdefault(sn, {}).setdefault(ss, {}).setdefault(loc, {})[vf] = eeg

# and now attempt to build `Subject`
for sn, d in subjects.iteritems():
    subjects[sn] = Subject(d)

完全なスタック トレース

---------------------------------------------------------------------------
KeyError                                  Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-831fa603ca8f> in <module>()
----> 1 import_data()

/home/louist/Dropbox/Research/VSTM/scripts/vstmlib.py in import_data()
     64 
     65     import ipdb; ipdb.set_trace()
---> 66     for sn, d in subjects.iteritems():
     67         subjects[sn] = Subject(d)
     68 

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/core/panelnd.pyc in __init__(self, *args, **kwargs)
     65         if 'dtype' not in kwargs:
     66             kwargs['dtype'] = None
---> 67         self._init_data(*args, **kwargs)
     68     klass.__init__ = __init__
     69 

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/core/panel.pyc in _init_data(self, data, copy, dtype, **kwargs)
    250             mgr = data
    251         elif isinstance(data, dict):
--> 252             mgr = self._init_dict(data, passed_axes, dtype=dtype)
    253             copy = False
    254             dtype = None

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/core/panel.pyc in _init_dict(self, data, axes, dtype)
    293         raxes = [self._extract_axis(self, data, axis=i)
    294                  if a is None else a for i, a in enumerate(axes)]
--> 295         raxes_sm = self._extract_axes_for_slice(self, raxes)
    296 
    297         # shallow copy

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/core/panel.pyc in _extract_axes_for_slice(self, axes)
   1477         """ return the slice dictionary for these axes """
   1478         return dict([(self._AXIS_SLICEMAP[i], a) for i, a
-> 1479                      in zip(self._AXIS_ORDERS[self._AXIS_LEN - len(axes):], axes)])
   1480 
   1481     @staticmethod

KeyError: 'location'

これが実験的な機能であることは理解していpanelndますが、何か間違ったことをしていることは確かです。誰かが私を正しい方向に向けることができますか? バグである場合、何か対処法はありますか?

いつものように、よろしくお願いします！

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