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2 番目のファイルを使用してファイルをフィルター処理しようとしています (最高のブラスト ヒットを見つけようとしています)。フィルタリングしたいファイルは次のようになります。

conserved1      chr22   100.00  92      0       0       1       92      19679676                        19679767        2e-44    182
.....................

私が使用している 2 番目のファイル (スクリプトの最初の入力) は次のようなものです。

conserved1      92
conserved2      76
.....................

(最初の列は私の「アイテム」の名前で、前のファイルの最初の列とまったく同じで、2 番目の列はサイズです)。

最初のファイルを保存された要素のサイズに接続し、サイズ (4 列目) が (2 番目のファイルから) サイズの 70% である行のみをフィルター処理するために、2 番目のファイルをハッシュに保存しました。

私はその目的のためにこのスクリプトを書きました。それは機能しますが、選択した各行を複数回出力します。どうすればこれを修正できますか?

my $size_file = $ARGV[0];
my $alignment_file = $ARGV[1];

open my $con_info, $size_file or die "Could not open $size_file: $!";

my %hash;
while (<$con_info>)
{
chomp;
my ($key, $val) = split /\t/;
$hash{$key} .= exists $hash{$key} ? "$val" : $val;
}
#print "# %hash\n", Dump \%hash;
#print %hash;
#print "@{[%hash]}";

close $con_info;

open my $al_info, $alignment_file or die "Could not open $alignment_file: $!";

while (my $line = <$al_info>)  {
    chomp;
    my@data = split('\t', $line);
    my $con_name = $data[0];
    my $evalue = $data[10];
    my $percent = $data[2];
    my $length = $data[3];
   # print $con_name. "\n";

foreach my $key (keys %hash) {
    if ($key  == $con_name) {
       #print "key: $key, value: $hash{$key}\n";
            if ($evalue <= 1e-4 && $length >= 0.70 * $hash{$key}) {
                    print $line;
            }

    }
   }
}

出力は最初のファイル (最初のコード ボックスにあるファイル) である必要がありますが、最後の if 条件を通過する行が少なくなります。どうもありがとうございました。

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if ($key  == $con_name)

する必要があります

if ($key eq $con_name)

これは文字列比較であるためです。

foreach特定のキーを 1 つ選択するためだけに、実際にループする必要はありません。

while (my $line = <$al_info>)  {

    chomp($line);
    my @data = split('\t', $line);
    # my $con_name = $data[0];
    # my $percent = $data[2];
    # my $length = $data[3];
    # my $evalue = $data[10];
    my ($con_name, $percent, $length, $evalue) = @data[0,2,3,10];

   # print $con_name. "\n"; 
   if ($evalue <= 1e-4 && $length >= 0.70 * $hash{$con_name}) {
            print $line;
   }
}
于 2013-09-12T19:30:49.870 に答える