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大きなマイクロアレイ データセット (446 列あたり 45K 行) のヒートマップをプロットしようとしています。pcolor私のPCは簡単にメモリ不足になるため（8G以上）、matplotlibから使用することはできません..

個人的な意見として、R の代わりに python/matplotlib を使用することをお勧めします。効率的な方法でヒートマップをプロットする方法はありますか?

ありがとう

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マトリックスをより小さなマトリックスにダウンサンプリングすることで解決しました。2 つの方法論を試すことにしました。

  • 45k 行のマトリックスを 1k 行のマトリックスにダウンサンプリングしたい場合、45 行ごとに行の値を取得しました。
  • もう 1 つの方法は、45k 行を 1k 行にダウンサンプリングし、45k 行を 1k グループ (隣接する 45 行で構成される) にグループ化し、各グループの平均を代表行として取得することです。

それが役に立てば幸い。

于 2016-03-27T13:54:06.970 に答える