私の Android NDK プロジェクトでは、プロジェクトを右クリックし、C/C++ 全般 -> パスとシンボルの下にセクションがあります。
includes, symbols, libraries, library paths, source location, reference
出力セクションがありません。つまり、C++ ファイルを Adnroid,mk と共に NDK ビルドしたとき、対応する yyyy.so がプロジェクトの libs フォルダー内にありません。
パスとシンボルの下に、生成された、または ndk でビルドされた yyyy.so を配置する出力セクションが必要だと思います。
jni フォルダーには、すべての C++ ファイルと Android.mk および yyyy.so ビルドの結果が含まれています。