このwhere句に問題があります。
from item in
_documentRoot.Descendants("Level1").Descendants("Level2").Descendants("Level3")
where
_documentRoot.Descendants("Level1").Descendants("Level2").Attributes("id").First().Value == 12345
ID が 12345 の Level2 要素から Level3 アイテムのリストが必要です。
いつものように、どうもありがとう