r - R プログラミング - {ape} を使用した最小スパニング ツリー プロットの改善

Question

次のコードを試して、最小スパニング ツリーをプロットしました。

library(ape)
mstree <-mst(distmat) #distmat is a distance matrix
plot(mstree, x1 = xycoordinates[,1], x2 = xycoordinates[,2])

上記の行をコマンドすると、指定した距離行列に従って最小限の全域木図が得られますが、すべてが黒なので、グラフは少し退屈に見えます...木の「枝」の色を変更したい場合青に（つまり、黒から）、どうすればそれを行うことができますか？

ありがとうございました、

Answer 1

edge.colorパラメータはその色を制御します。クレードなどによって異なるようにコーディングして、ツリーをさらに有益なものにすることができます。

plot(mstree, edge.color="blue", x1 = xycoordinates[,1], x2 = xycoordinates[,2])

マニュアルにもあらゆる種類の良いヒントがあります。

編集: @sdittmar が指摘したように、これはphyloオブジェクトに対してのみ機能し、mstプロットに対しては機能しません! 最小全域木で線 (およびラベル) の色を変更するにはpar(fg="blue")、コマンドを呼び出す前に設定できますplot。を変更par(col="red")すると、ラベルの色が設定されます。

最小限の再現可能な例:

require(ape)
require(stats)
M = mst(dist(matrix(runif(200), 10, 5)))
par(fg="blue")
par(col="red")
plot(M)