file_in.txt
これらの名前を含むファイル ( ) があります:
aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml
file_out.txt
これらの名前の別のファイル ( ) があります。
aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5
今、私はこのような声明が欲しい
java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat
file_in.txt
基本的に、各andをループして、 and の値をandにそれぞれfile_out.txt
置き換えます。-in
-out
i
j
Bashで試してみましたが、うまくいかないようです:
for i in `cat file_in.txt`
for j in `cat file_out.txt`; do
java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat
done
done