iOS プロジェクトのサードパーティ ライブラリを管理するために cocoapods を使用しています。リソース (画像など) は Pods プロジェクトにあります。これらのリソースの一部を、たとえばbg-addbutton.pngスナップショットで置き換えたい場合、どうするのが最善の方法でしょうか? Pods プロジェクトでリソースを直接置き換えようと考えていますが、後でライブラリをアップグレードすると、新しいリソースが上書きされます。

私が通常行うことは、サードパーティのプロジェクト (おそらく GitHub) をフォークし、変更をフォークにプッシュすることです。次に、Podfileレポを指すだけです。
platform :ios, '6.0'
pod 'MyAwesomeLib', :git => 'https://github.com/myuser/MyAwesomeLib'
ライブラリのコード/リソースを変更し、ライブラリから将来の更新を取得しながら、cocoapods を介して維持する別の方法があります。
https://medium.com/@mihirpmehta/how-to-modify-cocoapods-library-within-pods-647d2bf7e1cb