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ベッド、bim、fam ファイルを家族 ID で分割したいです。たとえば、次のように入力して、染色体ごとにこれを行うことができます。

p-link --bfile datafile1 --chr 1 --make-bed --out datafile2

これにより、1 番染色体用の別のベッド、bim、および fam ファイルが作成されます。

ただし、私の fam ファイルには、ファイルを分割したいいくつかの異なる家族 ID があります。例えば

Family 1 TS11339 0 0 2 -9
Family 1 TS11233 0 0 2 -9
Family 2 TF99288 0 0 2 -9
Family 2 YJ22997 0 0 2 -9
Family 3 YF00277 0 0 2 -9
Family 3 YY92779 0 0 2 -9

Family1.bed -.bim と -.bam、Family2.bed -.bim と -.bam などが欲しいです。

これどうやってするの？（知識不足で申し訳ありません-plinkを使い始めたばかりです）。

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次のコマンドは、UNIX シェルで plink データセットを分割する必要があります。

for fam in $(awk '{print $1}' datafile1.fam | sort | uniq); do echo $fam | plink --bfile datafile1 --keep-fam /dev/stdin --make-bed --out $fam; done
于 2015-04-06T21:17:24.773 に答える
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私はそれを理解しました、あなたは次のようにplinkを介してそれを行うことができます:

p-link --bfile datafile1 --keep LIST1.txt --make-bed --out

LIST1.txt は家族 ID と個人のリストです。たとえば、Family 1 を抽出する場合、LIST1.txt は次のようになります。

ファミリー 1 TS11339

ファミリー 1 TS11233

詳細については、plink の Web サイトを参照してください。

于 2013-10-22T16:18:09.540 に答える