特定の .Rmd ファイルを編む Python パイプラインから呼び出す R スクリプトがあります。ただし、コード ブロックからの出力の動作は R のバージョン間で異なるため、以前の動作が必要です。
.Rmd ファイルを編成するために使用するスクリプトは次のとおりです。
#!/project/csbio/Scott/Software/R-x.xx.x/bin/Rscript
library(knitr)
library(formatR)
# Create filename
rmdFile <- paste(cmds[2], '.Rmd', sep = '')
# Set knitr, formatR options
render_jekyll(highlight = 'prettify')
options('tidy.opts' = list(width.cutoff = 60))
options('width' = 80)
# Knit to jekyll-compatible markdown
knit(input = rmdFile)
.Rmd ファイルの例を次に示します。
```{r comment-1}
# Here is a comment...I want this comment to wrap onto the next line without a space inserted between them, but I have no idea what is causing this behavior, so I ask the kind strangers on stack overflow.
```
R-2.15.3を使って編んだ結果：
<pre><code class="prettyprint "># Here is a comment...I want this comment to wrap onto the next line
# without a space inserted between them, but I have no idea what is
# causing this behavior, so I ask the kind strangers on stack overflow.
</code></pre>
そしてR-3.0.1を使って編んだ結果：
<pre><code class="prettyprint "># Here is a comment...I want this comment to wrap onto the next line without</code></pre>
<pre><code class="prettyprint "># a space inserted between them, but I have no idea what is causing this</code></pre>
<pre><code class="prettyprint "># behavior, so I ask the kind strangers on stack overflow.</code></pre>
その結果、R 3.0.1 では、コメント行は折り返されるたびに空白で分割されます。
私の質問は、R のバージョン間でこの動作を引き起こしている原因は何ですか?どうすれば修正できますか?
どうもありがとう！！！