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私はRスクリプトの初心者です:-)

相関行列を作成する必要があり、グラフを適応させるためにいくつかのパラメーターを構成しようとしています。corrplotパッケージを使用しています。

私はこの方法でcorplotマトリックスを構築しました：

corrplot(cor(d1[,2:14], d1[,2:14]), method=c("color"),
         bg = "white", addgrid.col = "gray50", 
         tl.cex=1, type="lower", tl.col = "black", 
         col = colorRampPalette(c("red","white","blue"))(100))

作成したカラー マトリックス内の下部マトリックスに相関値を表示する必要があります。どうすればそれができますか？

下の行列から主対角線を除外することは可能ですか? この対角線では、常に完全な相関があります。

もう 1 つの疑問 - 正方形の代わりに星を使用して、相関の有意な値を示したいと思います。お気に入り （*、 、 *）。出来ますか？

みんな助けてくれませんか？

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少しハッカーを使えば、非常によく似た R パッケージでこれを行うことができますcorrgram。これにより、独自のパネル機能を簡単に定義でき、便利なことに、それらの機能をテンプレートとして簡単に表示できます。生成されたコードと図は次のとおりです。

set.seed(42)
library(corrgram)

# This panel adds significance starts, or NS for not significant
panel.signif <-  function (x, y, corr = NULL, col.regions, digits = 2, cex.cor, 
                           ...) {
  usr <- par("usr")
  on.exit(par(usr))
  par(usr = c(0, 1, 0, 1))
  results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided")
  est <- results$p.value
  stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
                  ifelse(est < 5e-3, "**", 
                         ifelse(est < 5e-2, "*", "NS")))
  cex.cor <- 0.4/strwidth(stars)
  text(0.5, 0.5, stars, cex = cex.cor)
}

# This panel combines edits the "shade" panel from the package
# to overlay the correlation value as requested
panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{
  if (is.null(corr)) 
    corr <- cor(x, y, use = "pair")
  ncol <- 14
  pal <- col.regions(ncol)
  col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
                                               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE))
  usr <- par("usr")
  rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
       border = NA)
  box(col = "lightgray")
  on.exit(par(usr))
  par(usr = c(0, 1, 0, 1))
  r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f")
  cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx")
  text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor)
}

# Generate some sample data
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10)

# Call the corrgram function with the new panel functions
# NB: call on the data, not the correlation matrix
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
         upper.panel=panel.signif)

ここに画像の説明を入力

ほとんどがパッケージの関数にパッチが当てられているため、コードはあまりきれいではありませんが、必要なプロットを取得するための良いスタートを切ることができます。corrplotおそらく、パッケージでも同様のアプローチを取ることができます。

更新:これは、同じ三角形に星とcorがあるバージョンです:

panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{
  corr <- cor(x, y, use = "pair")
  results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided")
  est <- results$p.value
  stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
                  ifelse(est < 5e-3, "**", 
                         ifelse(est < 5e-2, "*", "")))
  ncol <- 14
  pal <- col.regions(ncol)
  col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
                                               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE))
  usr <- par("usr")
  rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
       border = NA)
  box(col = "lightgray")
  on.exit(par(usr))
  par(usr = c(0, 1, 0, 1))
  r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f")
  cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx")
  fonts <- ifelse(stars != "", 2,1)
  # option 1: stars:
  text(0.5, 0.4, paste0(r,"\n", stars), cex = cex.cor)
  # option 2: bolding:
  #text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor, font=fonts)
}

# Generate some sample data
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10)

# Call the corrgram function with the new panel functions
# NB: call on the data, not the correlation matrix
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
         upper.panel=NULL)

ここに画像の説明を入力

また、コメント アウトは、重要性を示す別の方法です。星を使用するのではなく、しきい値を下回るものを太字にします。何を表示したいかによっては、その方がわかりやすいかもしれません。

于 2013-09-25T19:58:18.700 に答える