centos - 共有ライブラリのロード中にエラーが発生しました

Question

こんにちは、私はバイオインフォマティクスの学生で、gromacs に取り組んでいます。シミュレーションの準備をしているときに、このエラーが発生します。

[root@compute-0-3 bin]# pdb2gmx -f model-317.pdb -water spce

pdb2gmx: 共有ライブラリの読み込み中にエラーが発生しました: libmpi.so.0: 共有オブジェクト ファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません**

この問題を解決するには??

Answer 1

strace -eopen COMMANDどのファイルが実際に検索されているか、それぞれのファイルに対して open が返すリターン コードを確認するために使用すると便利であることがわかりました。例えば：

$ strace -eopen echo foo
open("/etc/ld.so.cache", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/locale/locale-archive", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
foo

このトリックを使用して、パスが間違って設定されているだけかどうかを確認します。

またlibmpi.so.0、正しく取り付けられない場合があります。ファイルがある可能性があり、libmpi.so.0.1.2.3ldconfig を実行するか、手動で からlibmpi.so.0へのシンボリック リンクを作成する必要がありますlibmpi.so.0.1.2.3。共有ライブラリに異なる番号が追加される理由について詳しくは、http: //tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.htmlを参照してください。