私は自分のプレイプロジェクトに別のソースディレクトリを追加しようとしています
def temporarySources = Def.setting { (baseDirectory in Compile).value / "temporary" }
そして設定に追加
(unmanagedSources in Compile) += temporarySources.value
を実行した後sbt test、sbt はディレクトリが存在しないと文句を言いますが、そこにあると確信しています (ディレクトリに cd できます)。