タンパク質配列の fasta ファイルからフラグメントを生成するにはどうすればよいですか? たとえば、次の方法で 5mer フラグメントを生成したいとします。
初期シーケンス:
>gi|48255
MSSPPPARSGFYRQEVTKTAWEVRAVYRDLQ
フラグメント:
1
MSSPP PARSG FYRQE VTKTA WEVRA VYRDL Q
2
SSPPP ARSGF YRQEV TKTAW EVRAV YRDLQ
3
SPPPA RSGFY RQEVT KTAWE VRAVY RDLQ
4
PPPAR SGFYR QEVTK TAWEV RAVYR DLQ
5
PPARS GFYRQ EVTKT AWEVR AVYRD LQ
等々。
すべてのサイクルで、シーケンスが 1 つ減ります。