これを再現するのは非常に簡単です。私のスクリプト foo.py が次の場合:
import scipy
次に実行します。
python pyinstaller.py --onefile foo.py
foo.exe を起動すると、次のようになります。
WARNING: file already exists but should not: C:\Users\username\AppData\Local\Temp\_MEI86402\Include\pyconfig.h
いくつかのバージョンをテストしましたが、確認した最新のものは、Win7、Python 2.7.5 (32 ビット)、Scipy バージョン 0.12.0 で実行されている 2.1dev-e958e02 です。
Pyinstaller 関係者にチケットを送信しましたが、まだ何も聞いていません。これをさらにデバッグする方法の手がかりはありますか?