Eclipse のダウンロード サイトから Eclipse PDE をインストールした後、GEF と Draw2d はそのままでは機能する javadoc とソース コードの添付ファイルを持っていないようです (JFace のソース添付ファイルは正常に動作しています)。
「Plugin Dependencies」ツリーの下の PDE プロジェクトでは、すべての PDE JAR が同じ JAR にソース セットを添付していることがわかります。ただし、JAR にはソースが含まれておらず、クラス ファイルのみが含まれています。代わりに、ダウンロードした GEF ソース コード JAR にこのソース添付ファイルを指定しようとしましたが、ワークスペースを再起動すると、変更が自動的に壊れたソース添付ファイルに戻りました。