r - 列および行グループからの複数の箱ひげ図

Question

そのため、遺伝子のグループから箱ひげ図を作成して、データを視覚化しようとしています。これにより、すべての遺伝子に対して、異なる株に対して異なるボックスが作成されます。データは多かれ少なかれ次のようになります。

Strain  gene1         gene2      gene3  .   .   .
 A    2.6336700     1.42802     0.935742
 A    2.0634700     2.31232     1.096320
 A    2.5798600     2.75138     0.714647
 B    2.6031200     1.31374     1.214920
 B    2.8319400     1.30260     1.191770
 B    1.9796000     1.74199     1.056490
 C    2.4030300     1.20324     1.069800
 C    1.4829864     5.570571    12.29139
 C    0.7212928     6.070519    11.63530
 .
 .
----------

したがって、この例では、3 つの異なる写真 (遺伝子ごとに 1 つ) を取得し、各写真には 3 つのボックス (株ごとに 1 つ) を含める必要があります。おそらくこれを行うための素晴らしく簡単な方法がありますが、これまでのところ私は空白を描いています...

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すべての回答/アドバイスをありがとう、それはすべて本当に役に立ちました.

Answer 1

で行う方法の 1 つを次に示しggplot2ます。

まず、データ フレームを long format に渡します。

library(reshape2)
dfm <- melt(df)

その後 ：

library(ggplot2)
ggplot(data=dfm) + geom_boxplot(aes(x=Strain,y=value)) + facet_wrap(~variable)

Answer 2

パッケージは、このlattice種のグループ化に最適です。よりも使いやすいといつも思っていましたggplot2。少し手動ですが、昔ながらのベースR「インクオンペーパーメソッド」（リンク）を使用して行うこともできます。

最初に、データ フレームを再形成する必要があります (ところで、このステップはreshape2、juba が提案したパッケージでより適切に行われますが、代替手段として私のソリューションを保持します)。

str <- "Strain  gene1         gene2      gene3
 A    2.6336700     1.42802     0.935742
 A    2.0634700     2.31232     1.096320
 A    2.5798600     2.75138     0.714647
 B    2.6031200     1.31374     1.214920
 B    2.8319400     1.30260     1.191770
 B    1.9796000     1.74199     1.056490
 C    2.4030300     1.20324     1.069800
 C    1.4829864     5.570571    12.29139
 C    0.7212928     6.070519    11.63530"

tab <- read.table(con <- textConnection(str), header=TRUE)
tab <- data.frame(Strain=tab$Strain, stack(tab[-1]))

names(tab) <- c("Strain", "Expression", "Gene")

次にプロット

library(lattice)
bwplot(Expression ~ Strain | Gene, tab)

または他の方法で単一のパネルに結合

bwplot(paste(Strain, Gene) ~ Expression, tab)