次のxmlコードがあります
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE pathway SYSTEM "http://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.1_.dtd">
<!-- Creation date: Aug 26, 2013 10:02:03 +0900 (GMT+09:00) -->
<pathway name="path:ko01200" >
<reaction id="14" name="rn:R01845" type="irreversible">
<substrate id="108" name="cpd:C00447"/>
<product id="109" name="cpd:C05382"/>
</reaction>
<reaction id="15" name="rn:R01641" type="reversible">
<substrate id="109" name="cpd:C05382"/>
<substrate id="104" name="cpd:C00118"/>
<product id="110" name="cpd:C00117"/>
<product id="112" name="cpd:C00231"/>
</reaction>
</pathway>
次のコードを使用して、サブストレート ID と製品 ID を印刷しようとしていますが、複数の ID を持つコードに対してスタックしています。データ構造を確認するためにダンパーを使用しようとしましたが、続行する方法がわかりません。解析スクリプトの残りの部分には既に XML シンプルを使用しており (この部分はスクリプト全体のごく一部です)、今は変更できません。
use strict;
use warnings;
use XML::Simple;
use Data::Dumper;
my $xml=new XML::Simple;
my $data=$xml->XMLin("test.xml",KeyAttr => ['id']);
print Dumper($data);
foreach my $reaction ( sort keys %{$data->{reaction}} ) {
print $data->{reaction}->{$reaction}->{substrate}->{id}."\n";
print $data->{reaction}->{$reaction}->{product}->{id}."\n";
}
ここに出力があります
$VAR1 = {
'name' => 'path:ko01200',
'reaction' => {
'15' => {
'substrate' => {
'104' => {
'name' => 'cpd:C00118'
},
'109' => {
'name' => 'cpd:C05382'
}
},
'name' => 'rn:R01641',
'type' => 'reversible',
'product' => {
'112' => {
'name' => 'cpd:C00231'
},
'110' => {
'name' => 'cpd:C00117'
}
}
},
'14' => {
'substrate' => {
'name' => 'cpd:C00447',
'id' => '108'
},
'name' => 'rn:R01845',
'type' => 'irreversible',
'product' => {
'name' => 'cpd:C05382',
'id' => '109'
}
}
}
};
108
109
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at line 12.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at line 13.