私は R の初心者で、これを使用して微生物分類群の共起分析を実行したいと考えています。分類群の相対的な豊富さを示すこのような表(タブ区切り)があります。
Taxon Sample1 Sample2 Sample3.......Sample54
OTU1 0.2 0.005 0.009 0.12
OTU2 0.62.....
OTU3
....
OTU136
分類群のスピアマンの順位相関行列を取得し、それを素敵なグラフにプロットしたいと思います。corr.test コマンドを実行する前に、テーブルをマトリックスに変換する必要があるはずですよね?? それで、変換しようとしましたが、エラーは発生しませんでしたが、corr.testを調整しようとすると、行列が数値ではないと表示されます....
誰でも方法を理解するのを手伝ってもらえますか??
ありがとうフランチェスカ