マイクロアレイの経時変化データをプロットして、上位 100 個の遺伝子の遺伝子発現プロファイルがグラフに表示され、曲線が複製プローブでラベル付けされるようにする必要があります (以下の情報)。
次のコードを使用して、正しいタイトルと軸ラベルを使用してグラフ フレームを描画できましたが、曲線のラベルには正しい名前がありませんでした。
for(j in 1:12){
pch_value = as.character(targets$grp[6*j])
points(c(0, 6, 24, 48, 72,80), exprs.row[(6*j-1):(6*j)],
type='b', pch=pch_value)
コントラスト:
mc = makeContrasts("hr6-hr0","hr24-hr0","hr48-hr0","hr72-hr0","hr80-hr0","hr72-hr6", levels = X)
colnames(X) = c('hr0', 'hr24', 'hr48', 'hr6', 'hr72', 'hr80')
複製情報:
Replicates (hr0 - 6 reps, hr 6 - 6reps, hr24-4reps, hr48-4reps,hr72-6reps, hr80-2reps) are in the following order :
hr0
hr0
hr6
hr6
hr24
hr24
hr48
hr48
hr72
hr72
hr0
hr0
hr6
hr6
hr24
hr24
hr48
hr48
hr72
hr72
hr80
hr80
hr0
hr0
hr6
hr6
hr72
hr72
maSigPro と timecourse を試しました。これら 2 つのプログラムを使用して正しいコントラストを設定できませんでした。
助けていただければ幸いです。