#box2 の左と上の値については、.css ファイルから取得した #box2 自体の実際の幅と高さを差し引く必要があります。私は .css({left:event.pageX - .css(width:200px);.... を実行しようとしましたが、うまくいきませんでした。以下は、減算部分のない既存のスニペットです。
$('.lightbox2').click(function (event) {
event.preventDefault();
$('#box2').css({
left: event.pageX,
top: event.pageY
});
$('.backdrop, #box2').animate({
'opacity': '.50'
}, 300, 'linear');
$('#box2').animate({
'opacity': '1.00'
}, 300, 'linear');
$('.backdrop, #box2').css('display', 'block');
});