どのテーブルからのものかを確認する必要があります。request_id にテーブル名を追加した方法に注目してください。
select nyc311_requests.request_id, request_created_date, request_complaint_type, request_descriptor,
request_ferry_terminal
from nyc311_requests
join nyc311_locations_ferries on nyc311_requests.request_id=nyc311_locations_ferries.request_id
where request_ferry_direction = 'Manhattan Bound'
order by request_id
テーブルのエイリアスを与えることもできます
select r.request_id, request_created_date, request_complaint_type, request_descriptor,
request_ferry_terminal
from nyc311_requests r
join nyc311_locations_ferries lf on r.request_id=lf.request_id
where request_ferry_direction = 'Manhattan Bound'
order by request_id