一部の Maven リポジトリの証明書をグローバル キーストアにインポートする必要があります。証明書ファイルの名前はmaven.crtなので、実行しているコマンドは
keytool -import -keystore $JAVA_HOME/jre/lib/security/cacerts -trustcacerts -alias maven -file maven.crt
パスワードの入力を求められ、「はい」と答えた証明書を信頼する場合、これが最終出力です
Certificate was added to keystore
keytool error: java.io.FileNotFoundException: /usr/java/jdk1.7.0_40/bin/java/jre/lib/security/cacerts (Not a directory)
このコマンドをルートとして実行したため、ここでアクセス許可エラーが発生する理由がわかりません。