基本的にはすべてタイトルにあります。(Windows の) コンソールからコードを実行すると、別のコンソールを開かずに子プロセスが実行されますが、cx_freeze のアプリからコードを実行すると、別のコンソールが開きます。
FreeConsole() を使用するように提案されたこの古いスレッドを見つけました。これは、画面上のコンソールを点滅させますが、残念ながら、子プロセスから呼び出す必要があることを正しく理解していれば、残念ながらそれを受け入れることができます。
http://twistedmatrix.com/pipermail/twisted-python/2007-February/014738.html
また、Windows での spawnProcess 全体のリファクタリングでこのチケット (7yo) を見つけましたが、どうやらそれは起こらなかったようです:
http://twistedmatrix.com/trac/ticket/2415
私は子プロセスのコードを制御できないため、残念ながらそこで何かを行うことはできませんが、プロセスを実行したとしても、それはコンソールアプリであり、FreeConsole() はそこで呼び出すことができなかったと思います。プロセスは終了します。