何もする必要はありません。app-engine にフェデレーション ログイン アプリがあり、Cloud Endpoints を使用する Android アプリを最近追加しました。特別なことをする必要はありません。関数に User パラメータを追加するだけです。ユーザー オブジェクトには、データにアクセスするために承認する必要があるユーザーの電子メールがあります。
@Api(name = "my_api",
        version = "v1",
        scopes = {"https://www.googleapis.com/auth/userinfo.email"},
        clientIds = {Constants.AUTH_CLIENT,
                Constants.AUTH_CLIENT_APIEXPLORER})
public class MyEndpoint {
    @ApiMethod(name = "fistEndpoint")
    public ResponseObject fistEndpoint(User user) throws OAuthRequestException {
        if (user == null) {
            throw new OAuthRequestException("Access denied!");
        }
        String email = user.getEmail();
        //Authorize the request here
        //make the ResponseObject and return it
    }
}
エンドポイントを作成したら、
 https ://your-app.appspot.com/_ah/api/explorer にアクセスしてテストします
更新: 上記の例は Google アカウントに限定されています。別のタイプのアカウントが必要な場合は、次の投稿をご覧ください:
 Google Cloud エンドポイントのカスタム認証 (OAuth2 の代わり)