r - RのMDSにプロットされた同じbray-curtisの類似性の線

Question

R.

クラスター ( hclust()) をコミュニティ構成データの MDS ( ) に重ねることができましmetaMDS()たが、類似性が同じかそれ以上のサイトの周りに構成ハルを描画したいと考えています。

Answer 1

hclust-object がある場合cutree()、非類似度が特定の値より大きいグループを抽出するために使用できます。

ordihull()このグループ化変数は、またはを介し​​て NMDS プロットにプロットできますordispider()。

次に例を示します。

require(vegan)
data(dune)

# nmds
nmds <- metaMDS(dune)

# cluster
clus <- hclust(vegdist(dune))
plot(clus)
rect.hclust(clus, h = 0.6)

# extract groups with similarity > 0.6 between
group_clus <- cutree(clus, h=0.6)


# plot those 4 groups
plot(nmds, display = 'sites', type = 'text')
ordihull(nmds, groups=group_clus)