PDO +SQLiteを使用して次の SQL を実行しています。
CREATE TABLE default_field_values (intfield INT NOT NULL, floatfield FLOAT NOT NULL, boolfield TINYINT NOT NULL);
CREATE INDEX somename ON default_field_values (intfield,floatfield);
これをPDO::queryメソッドに渡すと、テーブルが作成されますが、インデックスがありません。sqlite3 CLI を介して SQL を実行すると、意図したとおりに機能します。この問題は、MySQL を実行している場合にも発生しません。