UIManagedDocument を削除する正しい手順、特に iCloud オプションがオンになっている手順を説明する信頼できるドキュメントが見つからないようです。
このオプションを選択すると、この fileURL のファイルが削除されることを理解しています。そして、iCloud が使用されていない場合、これは問題ないように思われます。
[[NSFileManager defaultManager] removeItemAtURL:fileURL error:&error];
iCloud が使用されている場合、CoreData は、/Document/CoreDataUbiquitySupport や iCloud の /CoreData フォルダーなど、あらゆる場所にファイルを作成します。したがって、この場合、を呼び出す前にremoveUbiquitousContentAndPersistentStoreAtURL各ストアを呼び出すのは私次第です。もしそうなら、これはどこかに文書化されていますか?UIManagedDocument[NSFileManager removeItemAtURL]
[NSPersistentStoreCoordinator removeUbiquitousContentAndPersistentStoreAtURL:storeURL
                                                                     options:@{NSPersistentStoreUbiquitousContentNameKey:fileName,
   NSMigratePersistentStoresAutomaticallyOption:@YES,
         NSInferMappingModelAutomaticallyOption:@YES,
                          NSSQLitePragmasOption:@{ @"journal_mode" : @"DELETE" }}
                                                                       error:&error];