:not()を使用して、内部の ID を呼び出したくない選択を除外してみてください:not()

$(function(){
    $("select:not(#simples_select)").multiselect();
});

デモ

または、ID があるため、必要なものに ID セレクターを使用するだけです。

$(function(){
    $("#multiple_select").multiselect();
});

デモ

タグまたはオブジェクトのグループ全体に何かを適用したい場合を除き、ID を使用する方がはるかに優れています。コードを特定の ID に適用するには、ID に # 記号を使用します。

ここで jQuery を使用した CSS セレクターについて学ぶことができます: http://api.jquery.com/category/selectors/

<script type="text/javascript">
$(function(){
    $("#multiple_select").multiselect();
});
</script>