FactoMineR の MFA で問題が発生しました。私は、トマト植物で測定された物理的、化学的、微生物学的な連続変数を含むデータセットを使用しています。これは、2 つの異なる処理から 3 つの時点で取得されたものです。私はこのように私のデータを収容しました：
structure(list(row.names = structure(c(1L, 4L, 7L, 10L, 13L,
16L), .Label = c("GBA1", "GBA2", "GBA3", "GBB1", "GBB2", "GBB3",
"GBC1", "GBC2", "GBC3", "GBD1", "GBD2", "GBD3", "GBE1", "GBE2",
"GBE3", "RWA1", "RWA2", "RWA3", "RWB1", "RWB2", "RWB3", "RWC1",
"RWC2", "RWC3", "RWD1", "RWD2", "RWD3", "RWE1", "RWE2", "RWE3",
"RWF1", "RWF2", "RWF3", "RWG1", "RWG2", "RWG3", "RWH1", "RWH2",
"RWH3", "RWI1", "RWI2", "RWI3", "RWJ1", "RWJ2", "RWJ3"), class = "factor"),
Trt = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L), .Label = c("Mineral",
"Organic"), class = "factor"), Status = structure(c(1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("H", "S"), class = "factor"),
Humidity = c(87.21704394, 80.29885961, 65.68047337, 85.9775641,
83.33333333, 85.98568282), pH = c(5.44, 5.94, 6.64, 6.19,
6.13, 5.45), Conductivity = c(837L, 867L, 752L, 871L, 699L,
406L), Nit.N = c(436.18, 433.92, 418.1, 458.78, 411.32, 167.24
), Ammonia.N = c(3.8122, 2.6452, 1.945, 1.7116, 2.4896, 7.16
), P = c(30.95, 15.2, 20.15, 16.1, 18.35, 48.2), K = c(135,
35, 95, 40, 145, 275), Ca = c(1287.5, 1427.5, 1610, 1570,
1640, 130), Mg = c(367.5, 575, 537.5, 532.5, 590, 42.5),
S = c(705L, 924L, 603L, 962L, 626L, 111L), Sodium = c(92.5,
170, 135, 127.5, 137.5, 35), Chlorides = c(15.1, 11.1, 15.4,
13.2, 13.8, 10.8), Fe = c(1.5, 2.2, 1.7, 2, 2.1, 3.1), Mn = c(1.1,
0.55, 0.7, 0.4, 0.65, 1.9), Rhizobium = c(0, 0, 0, 0, 0,
0), Total.bacteria = c(7207207.207, 5454545.455, 22727272.73,
18918918.92, 30630630.63, 64864864.86)), .Names = c("row.names",
"Trt", "Status", "Humidity", "pH", "Conductivity", "Nit.N", "Ammonia.N",
"P", "K", "Ca", "Mg", "S", "Sodium", "Chlorides", "Fe", "Mn",
"Rhizobium", "Total.bacteria"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")
変数をカテゴリ (最初の 2 つ) に分割し、その後、残りの 16 は連続です。ただし、2 つのカテゴリ変数を別々に扱いたいと思います。そこで、次のコードを書きました。
>res <- MFA(Oliver, group=c(1,1,3,11,2), type=c("n", "n","s", "s","s"),ncp=5,name.group=c("Sub","Stat", "Phys", "Chem", "Microbial"))
しかし、うまくいかないようです。したがって、私は次のことを試しました：
>res=MFA(Oliver,group=c(2,16),type=c(rep("n",1),rep("s",1)),ncp=5,name.group=c("cat","cont"))
そしてこの他の：
>res=MFA(Oliver,group=c(2, 3, 11,2),type=c(rep("n",1),rep("s",3)), ncp=5,name.group=c("type","Phys", "Chem", "Microbial"))
しかし、私は同じ問題を抱え続けました（「便利なグループ定義ではありません」）。最初の 2 つのカテゴリ グループを別々に保持するためにできることはありますか? モデルを適切に実行する方法についてアドバイスをいただければ幸いです。
幸運をお祈りしています、
エマ