これがバグなのか、それとも私の方法なのかはわかりません。以下の例では、赤の四角形に (もしあったとしても) かろうじて X が表示されているはずです。実際に起こっているのは、X (2 本の線でできている) が完全に不透明であることです。
<?php
$draw = new ImagickDraw();
$draw->setStrokeWidth(1);
$draw->setStrokeOpacity(0.1);
$draw->setStrokeColor("black");
$draw->line(0, 0, 500, 500);
$draw->line(500, 0, 0, 500);
$drawing = new Imagick();
$drawing->newImage(500, 500, "red");
$drawing->setImageFormat("png");
$drawing->drawImage($draw);
header("Content-Disposition: attachment; filename=test.png");
echo $drawing->getImageBlob();
?>