0

ファイル 1:

Locus        Gene name
chr1         AT1G27893.6
chr3         AT3G28270.3
chr4         AT5G46005.1
chr8         AT8G59300.5

ファイル 2:

Gene name              Type                  Short_description
AT1G01010.1       protein_coding        AP2/B3-like transcriptional factor 
AT3G28270.3       protein_coding        NAC domain containing protein 1
AT8G59300.5       protein_coding        mitochondrial ribosomal protein S7
ATMG01270.1       protein_coding        FRIGIDA like 2  family member

出力：

遺伝子座 遺伝子名 タイプ 短い説明

chr3           AT3G28270.3        protein_coding        NAC domain containing protein 1
chr4           AT8G59300.5        protein_coding        mitochondrial ribosomal protein S7

私が使用したコード

awk -F"," 'NR==FNR{a[$1]=$0;next} ($1 in a){ print a[$1]; next}1' file2 file1

必要に応じて出力を取得できません。file2 のすべての行を出力します。

4

1 に答える 1

1

使ってみてjoin

join -1 2 -2 1 file1 file2

出力：

Gene Locus name name Type Short_description
AT3G28270.3 chr3 protein_coding NAC domain containing protein 1
AT8G59300.5 chr8 protein_coding mitochondrial ribosomal protein S7
于 2013-10-16T07:15:15.527 に答える