Python の配列インデックスに問題があります。関数 readfile でクラッシュし、「リスト インデックスが範囲外です」と出力されます。
inputarr = []
def readfile(filename):
lines = readlines(filename)
with open(filename, 'r') as f:
i = 0
j= 0
k = 0
for line in f:
line = line.rstrip("\n")
if not line == '':
inputarr[j][k] = line
k += 1
#print("\tnew entry\tj=%d\tk=%d" % (j, k))
elif line == '':
k = 0
j += 1
#print("new block!\tj=%d\tk=%d" % (j, k))
i += 1
processing(i, lines)