プレーンjsでグローバル変数を設定できる関数を作成し、その値をjQuery関数で更新してから、jQuery関数を介して更新された値を通常のjavasciprt変数に割り当てる必要があります。
コード例は次のとおりです。
var foo; // global variable in plain js
var bar; // second global variable
jQuery(document).ready(function ($) {
// jquery function that updates the variable
foo = 'updated by jquery'
});
bar = foo;
console.log(bar); // console should read 'updated by jquery' but it says undefined