0

raw) ファイルは次のようになります

FID IID FA MO SEX PHENO SNP1 SNP2 SNP3

1 1 0 0 1 1 0 2 1

1 2 0 0 1 1 0 2 1

1 3 0 0 1 1 0 2 1

とマップファイル

1 SNP1 20 A G

1 SNP2 45 T C

1 SNP3 56 A G

投与量ファイルを ped 形式に再コード化したいので、次のようになります。

FID IID FA MO SEX PHENO SNP1 SNP2 SNP3

1 1 0 0 1 1 AA CC AG

1 2 0 0 1 1 AA CC AG

1 3 0 0 1 1 AA CC AG

ありがとう、

マナブ

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使用するawk

awk 'NR==FNR {a[$2,0]=$4$4 ; a[$2,1]=$4$5 ; a[$2,2]=$5$5 ; next} 
    $7~/^[0-2]$/ {$7=a["SNP1",$7] ; $8=a["SNP2",$8] ; $9=a["SNP3",$9]} 1' 
    map_file raw_file

出力：

FID IID FA MO SEX PHENO SNP1 SNP2 SNP3

1 1 0 0 1 1 AA CC AG

1 2 0 0 1 1 AA CC AG

1 3 0 0 1 1 AA CC AG
于 2013-10-18T04:33:17.253 に答える