これらのdllをgacで取得したのに、なぜweb.configでも取得したのか、
<compilation debug="true">
<assemblies>
<add assembly="System.Web.Extensions, Version=1.0.61025.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=removedForPrivacyMyself"/>
<add assembly="System.Design, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=removedForPrivacyMyself"/>
<add assembly="System.Web.Extensions.Design, Version=1.0.61025.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=removedForPrivacyMyself"/>
<add assembly="System.Windows.Forms, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=removedForPrivacyMyself"/>
</assemblies>
</compilation>
このセクションを削除すると、アプリケーションが正常に動作するようです