有効小数点以下の桁数を変更しようとしています。デフォルトでは 7 であるため、0.0000001 より小さい値に対して 0.0000000 が多くなっています。
plotOptions.series.dataLabels.formatterとを試しplotOptions.line.dataLabels.formatterましたが、うまくいきませんでした。
次に、試してみplotOptions.line.tooltip.formatterましたが、これはHTMLのみを受け入れます。次のように設定したいと思います
function() {
return Highcharts.numberFormat(this.y,10);
}