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fastq 形式のデータがあります。

@HISEQ:157:C11RCACXX:6:1101:1522:2491 2:N:0:CGTACG
GTGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGNNNNNNNNNNNNNNCNNGCAGATACTCGTANNNNNNNNNGNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+
@BCFF###########################################################################
#####################
@HISEQ:157:C11RCACXX:6:1101:1668:2494 2:N:0:CGTACG
TCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGNNNNNNNNNNNNNNTTNTGTTTTACGGTTTNNNNNNNNGCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+
C@CFF###########################################################################
#####################
@HISEQ:157:C11RCACXX:6:1101:2557:2492 2:N:0:CGTACG
CCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGNNNNNNNNNNNNNNCNNCAACACACTCCTCNNNNNNNNGCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+
CCCFF###########################################################################
#####################

awkコマンドを使用して各読み取りを「+」で分割したいのですが、機能しませんでした。see/awkを使用してfasta形式に変換できる簡単なコマンドはありますか?

期待される出力は

>HISEQ:157:C11RCACXX:6:1101:1522:2491 2:N:0:
CGTACGGTGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGNNNNNNNNNNNNNNCNNGCAGATACTCGTANNNNNNNNNGNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>HISEQ:157:C11RCACXX:6:1101:1668:2494 2:N:0:
CGTACGTCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGNNNNNNNNNNNNNNTTNTGTTTTACGGTTTNNNNNNNNGCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>HISEQ:157:C11RCACXX:6:1101:2557:2492 2:N:0:
CGTACGCCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGNNNNNNNNNNNNNNCNNCAACACACTCCTCNNNNNNNNGCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

どうもありがとう！

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以下を試すことができます

awk -f conv.awk input.txt

input.txt入力データファイルはどこにconv.awkあり、

/@HISEQ/ { p=1; sub(/^@/,">"); sub(/:[^:]*$/,":"); print; next }
/^\+/ {p=0}
p==1 { print }
于 2013-10-23T08:18:08.493 に答える