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RNA-seq 実験から生成されたデータを分析しようとしています。TopHat を使用して RNA-Seq リードをゲノムにアラインしようとしています。しかし、TopHat のインストール中に衝撃を受けました。

まず、次のパッケージをダウンロードしました。

  • tophat-2.1.0.tar.gz
  • samtools-0.1.19.tar.bz2
  • boost_1_54_0.zip

すべてのパッケージを解凍しました。

samtools の場合: すべての C ヘッダー ファイルを samtools-0.1.19/install/include/bam にコピーしました。次に、libbam.a ファイルを samtools-0.1.19/install/lib にコピーしました。

ブーストの場合： 次のコマンドを使用しました

$./bootstrap.sh
$./b2 install --prefix=PREFIX

TopHat の場合: コマンド ラインを使用しました。

$./configure \
  --prefix=/path/to/tophat-2.1.0 \
  --with-boost=/path/to/boost_1_54_0/PREFIX \
  --with-bam=/path/to/samtools-0.1.19/install

しかし、エラーメッセージが表示されます。エラーの最後の数行は次のとおりです。

checking for boostlib >= 1.38.0... yes
checking for bamlib... yes
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking whether the Boost::Thread library is available... yes
checking for exit in -lboost_thread... no
checking for exit in -lboost_thread... (cached) no
checking for exit in -lboost_thread... (cached) no
checking for exit in -llibboost_thread.a... no
configure: error: Could not link against libboost_thread.a !

私の質問は、エラー メッセージが表示される理由と、これを克服するために何ができるかです。両方の x86_64 Ubuntu システムで同じことを試しましたが、常に同じエラーが発生しました!

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