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scipy の統計を使用して、Fisher の Exact Test スコアを計算しています。一部の行列を除いて、完全に正常に動作し、valueError を返します。例えば、

odds, pvalue = stats.fisher_exact([[1,2],[9,84419233]])

戻り値

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/scipy-0.14.0.dev_4938da3-py2.7-macosx-10.8-x86_64.egg/scipy/stats/stats.py", line 2606, in fisher_exact
    if float(np.abs(pexact - pmode)) / np.abs(np.max(pexact, pmode)) <= 1 - epsilon:
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/numpy-1.9.0.dev_fde3dee-py2.7-macosx-10.8-x86_64.egg/numpy/core/fromnumeric.py", line 2126, in amax
    return amax(axis=axis, out=out)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/numpy-1.9.0.dev_fde3dee-py2.7-macosx-10.8-x86_64.egg/numpy/core/_methods.py", line 17, in _amax
    out=out, keepdims=keepdims)
ValueError: 'axis' entry is out of bounds

なぜこれがうまくいかないのか分かりません..

誰か助けてくれませんか？

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これはfisher_exact関数のバグです。ここで問題を報告しました: https://github.com/scipy/scipy/issues/3014

于 2013-10-23T18:52:43.060 に答える