ruby - Ruby スクリプトで SLIM/HAML などを使用しますか?

Question

私は現在、いくつかの遺伝子データを分析し、色付きの Word ドキュメントで出力を生成するスクリプトを作成しています。スクリプトは機能しますが、スクリプト内の 1 つのメソッド、Word 文書を作成するメソッドの記述が不適切です。

ドキュメントを作成するメソッドは、スタンドアロンの HTML ファイルを作成し、「docx」拡張子を付けて保存します。これにより、ドキュメントのさまざまな部分にさまざまなスタイルを与えることができます。

以下は、これを機能させるための最低限のものです。これには、最終ステップの直前に別のメソッドで作成され、ハッシュに格納されるいくつかのサンプル入力データと、必要なメソッドが含まれています。

require 'bio'

def make_hash(input_file)
  input_read = Hash.new
  biofastafile = Bio::FlatFile.open(Bio::FastaFormat, input_file) 
  biofastafile.each_entry do |entry|
    input_read[entry.definition] = entry.aaseq
  end
  return input_read
end

def to_doc(hash, output, motif)
  output_file = File.new(output, "w")
  output_file.puts "<!DOCTYPE html><html><head><style> .id{font-weight: bold;} .signalp{color:#000099; font-weight: bold;} .motif{color:#FF3300; font-weight: bold;} h3 {word-wrap: break-word;} p {word-wrap: break-word; font-family:Courier New, Courier, Mono;}</style></head><body>"
  hash.each do |id, seq|
    sequence = seq.to_s.gsub("\[\"", "").gsub("\"\]", "")
    id.scan(/(\w+)(.*)/) do |id_start, id_end|
      output_file.puts "<p><span class=\"id\"> >#{id_start}</span><span>#{id_end}</span><br>"
      output_file.puts "<span class=\"signalp\">"
      sequence.scan(/(\w+)-(\w+)/) do |signalp, seq_end|
        output_file.puts signalp + "</span>" + seq_end.gsub(/#{motif}/, '<span class="motif">\0</span>')
        output_file.puts "</p>"
      end
    end
  end
  output_file.puts "</body></html>"
  output_file.close   
end

hash = make_hash("./sample.txt")
to_doc = to_doc(hash, "output.docx", "WL|KK|RR|KR|R..R|R....R"

これはサンプルデータです。実際には、種からの遺伝データを分析する場合、これは何十万ものシーケンスで構成されている可能性があります。

>isotig00001_f4_14 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00001_f4_15 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00003_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00003_f6_9 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00004_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00004_f6_9 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00009_f2_3 - Signal P Cleavage Site => 22:23
MLKCFSIIMGLILLLEIGGGCA-IYFYRAQIQAQFQKSLTDVTITDYRENADFQDLIDALQSGLSCCGVNSYEDWDNNIYFNCSGPANNPEALWCAFLLLYTGSSKRSSQHPVRLWSSFPRTTKYFPHKDLHHWLCGYVYNVD
>isotig00009_f3_9 - Signal P Cleavage Site => 16:17
MKTGIIIFISTVVVLP-ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR
>isotig00009_f6_13 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00009_f6_14 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL

各読み取りは、seq id (a で始まる行>) とシーケンスの 2 つの部分で構成されます。これは分割され、make_hashメソッド内のハッシュに格納されます。この例:

>isotig00001_f4_14 - Signal P Cleavage Site => 11:12

MMHLLCIVLLL-KWWLLL

以下で構成されています。

>isotig00001_f4_14  (the first part of the id - class="id")

Signal P Cleavage Site => 11:12 (the second part of the id - normal writing)

(new line)

MMHLLCIVLLL (first part of the sequence - class="signalp")

KW WL LL  (the second part of the sequence - the motif KW will be class="motif")

HTML では、以下が生成されます。

<p>
  <span class="id"> >isotig00001_f4_14</span><span>Signal P Cleavage Site => 11:12</span>
<br>
  <span class="signalp">MMHLLCIVLL</span><span>KW</span><span class="motif">KW</span><span>LL</span>

to_doc基本的には、SLIM/HAML/NOKOGIRI/ERB などの適切な HTML テンプレートスクリプトを使用してメソッドを書き換えたいと思います。私はこれを成し遂げようとしました。

何らかの理由で、ループ内のループが機能せず、これらの変数を格納するグローバル変数の作成も機能しませんでした。

上記のスクリプトは機能します。サンプルデータを「sample.txt」として保存し、スクリプトを実行するだけです。

どんな助けにも非常に感謝しています。

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出発点は次のとおりです。

require 'haml'

haml_doc = <<EOT
%html
  %head
    :css
      .id {font-weight: bold;}
      .signalp {color:#000099; font-weight: bold;}
      .motif {color:#FF3300; font-weight: bold;}
      h3 {word-wrap: break-word;}
      p {word-wrap: break-word; font-family:Courier New, Courier, Mono;}
  %body
EOT

engine = Haml::Engine.new(haml_doc)
puts engine.render

実行時にこれを出力します：

<html>
  <head>
    <style>
      .id {font-weight: bold;}
      .signalp {color:#000099; font-weight: bold;}
      .motif {color:#FF3300; font-weight: bold;}
      h3 {word-wrap: break-word;}
      p {word-wrap: break-word; font-family:Courier New, Courier, Mono;}
    </style>
  </head>
  <body></body>
</html>

そこから、次を使用してファイルに簡単に書き込むことができます。

File.write(output, engine.render)

putsコンソールに出力する代わりに使用します。

これを使用するには、追加の Haml を肉付けして、入力データをループし、あらゆる種類の条件付きロジックhaml_docを埋め込むことなく、きれいに反復できる配列またはハッシュにそれをマッサージする必要があります。scanビューは、データを操作するのではなく、主にコンテンツを出力するために使用する必要があります。

engine = Haml...入力データを読み取って処理し、Haml が反復処理できるインスタンス変数に格納する行のすぐ上です。元のコードに基本的な考え方がありますが、HTML を出力しようとする代わりに、Haml に渡すことができるオブジェクトまたはサブハッシュを作成します。

通常、これは Rails や大きな Sinatra アプリのように、モデル、ビュー、およびコントローラーの個別のファイルにすべて分割されますが、これは実際には大きなアプリではないため、すべてを 1 つのファイルに入れることができます。ロジックをクリーンに保てば問題ありません。

サンプルの入力データと予想される出力がなければ、それ以上のことを行うのは困難ですが、それが出発点になります。

データサンプルに基づいて、大まかな内容を以下に示します。結局のところ、あなたはそれをいくつかしなければならないので、私はそれを磨くことはしませんが、これは合理的なスタートです. 最初の部分は、コードで参照している Bio のようなものを合理的にモックアップしていますが、私は見たことがありません。この部分は必要ありませんが、目を通しておいてください。

module Bio

  FastaFormat = 1

SAMPLE_DATA = <<-EOT
>isotig00001_f4_14 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00001_f4_15 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00003_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00003_f6_9 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00004_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00004_f6_9 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00009_f2_3 - Signal P Cleavage Site => 22:23
MLKCFSIIMGLILLLEIGGGCA-IYFYRAQIQAQFQKSLTDVTITDYRENADFQDLIDALQSGLSCCGVNSYEDWDNNIYFNCSGPANNPEALWCAFLLLYTGSSKRSSQHPVRLWSSFPRTTKYFPHKDLHHWLCGYVYNVD
>isotig00009_f3_9 - Signal P Cleavage Site => 16:17
MKTGIIIFISTVVVLP-ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR
>isotig00009_f6_13 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00009_f6_14 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
EOT

  class FlatFile

    class Entry
      attr_reader :definition, :aaseq

      def initialize(definition, aaseq)
        @definition = definition
        @aaseq = aaseq
      end
    end

    def initialize
    end

    def self.open(filetype, filename)
      SAMPLE_DATA.split("\n").each_slice(2).map{ |seq_id, sequence| Entry.new(seq_id, sequence) }
    end

    def each_entry
      @sample_data.each do |_entry|
        yield _entry
      end
    end

  end
end

ここから楽しみが始まります。私はあなたのget_hashルーチンを変更して、私が行う方法で文字列を解析しました。ハッシュの代わりに、ハッシュの配列を返します。各サブハッシュを使用する準備ができています。つまり、データが解析され、出力する準備ができています。

include Bio

def make_array_of_hashes(input_file)
  Bio::FlatFile.open(
    Bio::FastaFormat,
    input_file
  ).map { |entry|

    id_start, id_end = entry.definition.split('-').map(&:strip)
    signalp, seq_end = entry.aaseq.split('-')
    motif = seq_end.scan(/(?:WL|KK|RR|KR|R..R|R....R)/)

    {
      :id_start => id_start,
      :id_end => id_end,
      :signalp => signalp,
      :motif => motif
    }
  }
end

これは、スクリプトの本体内で HAML ドキュメントを定義する簡単な方法です。私は出力するだけで、テンプレートにはループ以外のロジックはありません。ビューが処理される前に、他のすべてが処理されました。

haml_doc = <<EOT
!!!
%html
  %head
    :css
      .id {font-weight: bold;}
      .signalp {color:#000099; font-weight: bold;}
      .motif {color:#FF3300; font-weight: bold;}
      h3 {word-wrap: break-word;}
      p {word-wrap: break-word; font-family:Courier New, Courier, Mono;}
  %body
  - data.each do |d|
    %p
      %span.id= d[:id_start]
      %span= d[:id_end]
      %br/
      %span.signalp= d[:signalp]
      - d[:motif].each do |m|
        %span= m
EOT

そして、これを使用する方法は次のとおりです。

require 'haml'

data = make_array_of_hashes('sample.txt')

engine = Haml::Engine.new(haml_doc)
puts engine.render(Object.new, :data => data)

出力を実行すると、次のようになります。

<!DOCTYPE html>
<html>
  <head>
    <style>
      .id {font-weight: bold;}
      .signalp {color:#000099; font-weight: bold;}
      .motif {color:#FF3300; font-weight: bold;}
      h3 {word-wrap: break-word;}
      p {word-wrap: break-word; font-family:Courier New, Courier, Mono;}
    </style>
  </head>
  <body></body>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00001_f4_14</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 11:12</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MMHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00001_f4_15</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 10:11</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00003_f6_8</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 11:12</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MMHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00003_f6_9</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 10:11</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00004_f6_8</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 11:12</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MMHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00004_f6_9</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 10:11</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00009_f2_3</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 22:23</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MLKCFSIIMGLILLLEIGGGCA</span>
    <span>KR</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00009_f3_9</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 16:17</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MKTGIIIFISTVVVLP</span>
    <span>KR</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00009_f6_13</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 11:12</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MMHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
  <p>
    <span class='id'>>isotig00009_f6_14</span>
    <span>Signal P Cleavage Site => 10:11</span>
    <br>
    <span class='signalp'>MHLLCIVLLL</span>
    <span>WL</span>
  </p>
</html>

ruby - Ruby スクリプトで SLIM/HAML などを使用しますか?

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