ファイルを github にプッシュすると灰色のアイコンが表示される理由を教えてください。app ディレクトリの横には、モデル、ビュー、およびコントローラーがあるはずですが、リモート GitHub ではクリックできません。

ファイルを github にプッシュすると灰色のアイコンが表示される理由を教えてください。app ディレクトリの横には、モデル、ビュー、およびコントローラーがあるはずですが、リモート GitHub ではクリックできません。

到達できないリモートの場所を指すサブモジュールを作成したようです。
この回答を参照してください。そのアイコンが緑色の場合、サブモジュールを指します。サブモジュールが正しく構成されていないため、あなたのケースではグレー表示されていると思います。
それが存在しないことを考えると.gitmodules、それは削除されているに違いなく、サブモジュールにはリモート情報がありません。
入力しappて入力 git remote -vすると、このモジュールが指している場所も表示されます。この場所は現在到達できません。
同様のシナリオで、サブモジュールを追加して削除し.gitmodulesました。GitHub での結果は次のようになります。

フォルダー内で git を初期化したようです。サブフォルダーから git ファイル (rm -rf) を削除し、新しいリポジトリを作成して git を再初期化します。
app ディレクトリ内で既に git を初期化しているため、リモートが見つかりません。アプリ内の .git ファイルを削除します。.
[app(master)]$ sudo rm -r .git
または、フォルダー内の隠しファイルを表示して、手動で行います。次に、親フォルダーの変更を再コミットして再プッシュします
内部には既に .git が含まれているため、グレーで表示されます。つまり、内部でも git が初期化されています。