linux - RバージョンとRパッケージをダウングレード

Question

こんにちは、私は現在、Bioconductor v2.13 を搭載した debian サーバーで R 3.0.2 を実行しています。私の質問は単純ですが、インターネットを検索しても明確な答えが得られませんでした。

R 3.0.2 からダウングレードするにはどうすればよいですか。R 2-15 に?

R 3.0.2 を保持している場合、Bioconductor を v2.12 にダウングレードするにはどうすればよいですか?

前もって感謝します、

Answer 1

通常、Bioconductor は R の特定のバージョンで動作するように設計されているため、古いバージョンの Bioconductor (または任意の R パッケージ) を新しいバージョンの R で使用することに関連する保証はありません。Bioconductorメーリング リストで Bioconductor パッケージについて質問することをお勧めします。おそらく、あなたが言っているのは、現在の Bioconductor のインストールに何らかの問題があるということであり、実際には問題を修正することをお勧めします。

の LibPath を調べて、installed.packages()の出力と比較します.libPaths()。私は持っている

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1)
                                                   affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
> .libPaths()
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library"  

朗報です！私の Bioc パッケージはすべて特定のライブラリにあります。?.libPaths次に、Bioc 2.12 パッケージの新しい場所を指す .libPaths を使用して R を開始するように手配できます (参考文献を参照)。

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R

次に、使用するパッケージのバージョンを明示的にインストールBiocInstallerします。たとえば、

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc")

そしてlibrary(BiocInstaller); biocLite()いつものように。

私の Bioconductor パッケージが R ホーム ディレクトリにインストールされている場合は、remove.packages()代わりに を設定するか、 「新しすぎる」パッケージを元に戻すための指示に従って.libPaths()実行します。BiocInstaller::biocValid()