これが本当に危険かどうかはわかりませんが、Google が Google Apps Script から提供される HTML と Javascript を使用して行っているように (こちらで説明されているように、 Caja Compilerを使用して「HTML をサニタイズしてサンドボックス化」しています)。
ユーザーに Jinja2 テンプレートを使用して HTML を編集させて、後でレンダリングされるサーバー側の変数にアクセスできるようにした場合、何か悪いことが起こるのではないかと考えていました。どんな悪いことが起こりますか？
Obs: ユーザーの HTML が見苦しくても、それがページの残りの部分を破壊してもかまいません。