1

UbuntuでRを使用しています。と の両方にパッケージがインストールされていることに気付きまし/usr/local/lib/R/site-library/た/home/sparhawk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/。それらをすべて自分のユーザーディレクトリに入れたいと思います。

すべての (非ベース) パッケージをユーザー ディレクトリに移動するにはどうすればよいですか? 必要に応じて R やパッケージを再インストールします。

も試しましsudo apt-get purge r-baseたが、これは上記のルート ディレクトリには触れませんでした。

4

2 に答える 2

0

インストールするパッケージの場所を指定するには、install.packages でdestdirオプションを使用します。

install.packages("RCpp,destdir="~/RPackages", CRAN="http://cran.r-project.org")

于 2013-10-26T08:46:53.370 に答える
0

R とパッケージをアンインストールする

まず、Ubuntuパッケージをパージしました

$ sudo apt-get purge r-recommended
$ sudo apt-get --purge autoremove
...
dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/library' not empty so not removed

上記のように、ディレクトリが 1 つ削除されていないため、

$ rm -r /usr/lib/R /tmp

/usr/local/lib/R/site-library/とのパッケージ ディレクトリ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/はまだ存在していたので、削除しました。

$ mv /usr/local/lib/R/ /tmp
$ mv ~/R/ /tmp/R-user

R とパッケージを再インストールする

sudo apt-get install r-recommended

ユーザー アカウントから R を実行します (私は RStudio を使用しました)。パッケージを手動でインストールします。

ある時、警告を受けました。

Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'

そこで、R をスーパーユーザーとして実行するのではなく、別のバージョンをユーザー ディレクトリにインストールしようとしました。両方のバージョンがインストールされていると思いますが、R は新しいバージョンを選択しているようです。

> update.packages()
Matrix :
 Version 1.0-14 installed in /usr/lib/R/library 
 Version 1.1-0 available at http://cran.rstudio.com
Update (y/N/c)?  y
Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y
...
> update.packages()
Warning: package 'Matrix' in library '/usr/lib/R/library' will not be updated
> packageVersion('Matrix')
[1] ‘1.1.0’

ただし、R は最新バージョンを選択しているように見えますが、パッケージをアップグレードできないという警告メッセージが表示されます。

> biocLite("limma")
Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'
于 2013-10-28T01:24:32.050 に答える