これを行うためのより簡単な方法があるはずです:
header_line = [x for x in my_dict.keys()]
header_line.insert(0, "1st column\t2nd column")
header_line.append("note")
print "\t".join(map(str, header_line))
単純に、次のように動作するはずだと思いましたが、header_line で構文エラーが発生します。
header_line = ["1st column", "2nd column", x for x in my_dict.keys(), "note"]
print "\t".join(map(str, header_line))