ASP.NET Web アプリケーションをwwwrootサブディレクトリにコピーした後も、IIS 管理者を使用して「ディレクトリをアプリケーションとして構成」(アプリケーション プールの設定など) する必要があります。IIS 統合モードでは、web.config で多くのオプション (認証方法、既定のドキュメントなど) を直接設定できますが、「このディレクトリを次のアプリケーション プールを持つアプリケーションとして扱う」設定をまだ見つけていません。
IIS 管理ツールを使用する必要はありますか、それとも新しい IIS バージョンは ASP.NET Web アプリケーションの "真の" XCOPY 展開をサポートしていますか?