<select>php で while ループを使用しないでください

代わりに使用しforeachます。最初にデータを取得し、

$data = $query->fetchAll();

そして、このデータを使用して出力します

<select>
    <option value=""> --Select-- </option>
    <?php foreach($data as $row): ?>
    <option><?=$row['id']?></option>
    <?php endforeach ?>
</select>