私は、python-markdown が、safe=False であっても、バックティック内の HTML エンティティを常にエスケープすることを観察しました。
In [1]: import markdown
In [2]: markdown.markdown("&")
Out[2]: u'<p>&</p>'
In [3]: markdown.markdown("*&*")
Out[3]: u'<p><em>&</em></p>'
In [4]: markdown.markdown("`&`")
Out[4]: u'<p><code>&amp;</code></p>'
それはバグですか、それとも機能ですか。HTMLエンティティを変更しないようにする方法はありますか?