Frame 内の FlowDocument に移動する場合、FlowDocumentReader はデフォルトで ViewMode=Page に設定されます。ViewMode プロパティを Scroll に設定できるように、FlowDocumentReader への参照を取得する必要があります。
Frame の Content プロパティを FlowDocument にキャストすることで FlowDocument オブジェクトへの参照を取得できますが、ドキュメントに移動したときにインスタンス化される FlowDocumentReader への参照が見つかりません。
ユーザーが FlowDocumentReader のスクロール ビュー ボタンを簡単にクリックできることは理解していますが、これはプログラムで実行できるはずです。